Die Funktion gibt es leider nicht.

Eine Möglichkeit wäre (erfordert ein bisschen Gefummel):

1. Neue Wanted List (WL) erstellen und die Steine der drei gekauften Sets hinzufügen ("Part Out" an dem Set drücken und dann einer WL hinzufügen).
2. Die neue WL mit den Teilen der Sets exportieren als XML.
3. Deine WL für dein Projekt exportieren als XML.
4. Ein XML-Dif-Tool (Google hilft) nutzen um die Zeilen aus der XML-Datei deiner neuen Liste rauszuschmeissen, die in der XML Datei der Liste deines Projekts nicht vorhanden sind. Ergebnis: Eine WL mit den Teilen der Sets, die auch in deiner WL für dein Projekt sind.
5. Diese modifzierte Liste als neue WL anlegen und einmal per Brute-Force überall den Wert von "Wanted QTY" in "Have" eintragen (vielleicht kann man dies auch im XML irgendwie hinbekommen, mir fällt jedoch kein Weg ein und Brute Force ist wahrscheinlich für diesen einmaligen Anwendungsfall schneller).
6. Diese Liste erneut als XML exportieren.
7. In der XML Datei der neuen Liste alle Zeilen entfernen in denen die "Wanted Qty" steht. Die Zeilen mit "Have" bleiben bestehen. So etwas geht mit jedem guten Texteditor (Notepad++ auf Win oder TextWrangler auf Mac).
8. Diese Datei dann als Update auf Deine Projektliste importieren. Wenn mich nicht alles täuscht sollte dann nur der Wert "Have" aktualisiert werden.

Disclaimer: Ausprobiert habe ich das nicht.